مجموعة الحماية مجموعة تُربط بمجموعة وظيفية لمنعها من التفاعل خلال خطوة أو أكثر من التصنيع، ثم تُنزع بعد ذلك لتعيد المجموعة الأصلية. والعمليات الثلاث هي الحماية، والتفاعل، ونزع الحماية.
أمثلة
مثال 48.8 (صنع ببتيد ثنائي واحد، لا أربعة)
يحمل كل من الغليسين والألانين مجموعة أمين ومجموعة حمضية: و. ورابطة أميد بين حمض الغليسين وأمين الألانين تعطي الببتيد الثنائي Gly–Ala. فإذا خُلط الحمضان الأمينيان مباشرة، أعطيا أربعة ببتيدات ثنائية، Gly–Ala وAla–Gly وGly–Gly وAla–Ala، في خليط يصعب فصله. والخطة: