Qu'est-ce que « La reconnaissance de motifs » ?

Les cellules innées reconnaissent des motifs moléculaires associés aux pathogènes (PAMP) : des molécules communes à des classes entières de microbes, essentielles à ceux-ci et absentes de l’hôte — le lipopolysaccharide des parois à Gram négatif, le peptidoglycane et l’acide lipotéichoïque des Gram positif, la flagelline, les $\beta$-glucanes fongiques, l’ARN double brin, l’ARN sans coiffe en 5$'$, l’ADN à CpG non méthylés, l’ADN dans le cytosol. Les récepteurs sont les récepteurs de reconnaissance de motifs (PRR), quelques dizaines en tout, chacun codé par un gène : les récepteurs de type Toll (TLR) de la surface et des endosomes (TLR4 pour le lipopolysaccharide, TLR5 pour la flagelline, TLR3 pour l’ARN double brin, TLR9 pour l’ADN CpG) ; les protéines cytosoliques NOD pour les fragments de peptidoglycane, RIG-I pour l’ARN viral, cGAS–STING pour l’ADN cytosolique ; les lectines de type C pour les sucres fongiques. Les mêmes récepteurs, ou d’autres des mêmes familles, reconnaissent les motifs moléculaires associés aux dégâts (DAMP) libérés par les cellules lésées — ATP, acide urique, la protéine nucléaire HMGB1, l’ADN mitochondrial — de sorte qu’une lésion stérile enflamme elle aussi. La liaison active les facteurs de transcription NF-$\kappa$B et les facteurs régulateurs de l’interféron, qui allument cytokines, chimiokines, molécules d’adhérence et gènes antimicrobiens en moins d’une heure ; une partie des capteurs cytosoliques assemblent l’inflammasome, une plate-forme qui active la caspase-1 pour couper l’interleukine-1$\beta$ en sa forme active et pour déclencher la mort inflammatoire appelée pyroptose (Chapitre 10).