Toute bactérie, à quelques exceptions près, est enfermée dans une paroi de peptidoglycane : des chaînes alternant N-acétylglucosamine et acide N-acétylmuramique, réticulées par de courts peptides en une seule molécule qui entoure la cellule et résiste à la pression de turgescence — plusieurs atmosphères — du cytoplasme. Les bactéries à Gram positif ont une paroi épaisse de , à nombreuses couches, traversée d’acides téichoïques ; les bactéries à Gram négatif ont une paroi mince d’une ou deux couches et, à l’extérieur, une seconde bicouche lipidique, la membrane externe, dont le feuillet externe est du lipopolysaccharide (LPS, endotoxine — la molécule que reconnaît le système immunitaire inné du Chapitre 15 et qui cause le choc septique), et qui enferme un périplasme. Des porines de la membrane externe laissent entrer les petites molécules et excluent bien des antibiotiques. À l’extérieur peuvent se trouver une capsule polysaccharidique contre les phagocytes, des flagelles pour nager (Chapitre 9) et des pili pour l’attachement et la conjugaison. À l’intérieur, le chromosome — une molécule circulaire de chez la plupart des espèces — est replié en un nucléoïde dépourvu de membrane, à côté de plasmides. Certains genres (Bacillus, Clostridium) savent enfermer une copie du chromosome dans une enveloppe épaisse, en endospore, déshydratée et métaboliquement inerte, qui survit à l’ébullition, aux rayonnements et à des siècles de sécheresse et germe au retour des nutriments.
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