Une bactérie résiste à un antibiotique par l’un de cinq moyens. Elle détruit le médicament : les -lactamases hydrolysent le cycle -lactame, et les variantes à spectre étendu et les carbapénémases détruisent aujourd’hui les plus récentes. Elle modifie la cible : une mutation de la protéine ribosomique ou de la gyrase que le médicament fixe, ou bien, chez le SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méticilline), un gène acquis codant une enzyme de réticulation que les -lactamines ne fixent pas ; la résistance à la vancomycine remplace le D-Ala terminal par un D-lactate, que le médicament ne reconnaît pas. Elle chasse le médicament par des pompes d’efflux, souvent de spécificité large. Elle empêche le médicament d’entrer, en perdant une porine. Ou elle contourne l’étape bloquée par une autre enzyme. Les mutations de cible apparaissent par hasard chez le patient à des taux de à par division et sont sélectionnées pendant le traitement ; les enzymes et les pompes sont surtout acquises sur des plasmides venus de l’immense réservoir des bactéries du sol et de l’intestin, où elles ont évolué depuis des âges contre les antibiotiques que fabriquent les champignons et d’autres bactéries. Les persistantes — cellules dormantes qui survivent à un médicament sans être génétiquement résistantes — expliquent les rechutes après un traitement qui aurait dû réussir.
Exemples
Exemple 12.13 (La fenêtre de sélection des mutants)
Une souche a une CMI de ; ses mutants résistants de premier rang, présents à raison d’un sur , ont une CMI de . Une dose qui maintient le médicament à tue le type sauvage et laisse les mutants croître sans concurrence : l’intervalle de concentration compris entre la CMI du type sauvage et celle des mutants est la fenêtre de sélection des mutants, et un traitement qui s’y installe fabrique de la résistance. Une dose au-dessus de tue les deux ; une dose trop faible, ou une cure arrêtée quand le patient se sent mieux et que la concentration redescend à travers la fenêtre, voilà comment se fabrique une population résistante. La même logique fixe les protocoles du traitement de la tuberculose : six mois, quatre médicaments, à des doses supérieures à la CMI de tout mutant en un pas.