पेप्टाइड बंध किसी एक ऐमीनो अम्ल के कार्बोक्सिल को अगले के ऐमीनो समूह से संघनन द्वारा जोड़ता है (एक ऐमाइड बंध, )। इस तरह जुड़े ऐमीनो अम्लों की शृंखला एक बहुपेप्टाइड है: दोहराती इकाइयों की एक रीढ़, जिससे पार्श्व शृंखलाएँ बाहर निकली रहती हैं, और जिसका एक N-सिरा (मुक्त ऐमीनो समूह) तथा एक C-सिरा (मुक्त कार्बोक्सिल) होता है। अनुक्रम N से C की ओर लिखे जाते हैं, यानी संश्लेषण के क्रम में (अध्याय 19)। कोई प्रोटीन एक या अधिक बहुपेप्टाइड हैं जो किसी निश्चित आकृति में मुड़े हों; प्रारूपिक शृंखलाओं में अवशेष होते हैं जिनका माध्य द्रव्यमान है, इसलिए अवशेषों का कोई प्रोटीन का है।
उदाहरण
उदाहरण 12.10 (कोलैजन)
किसी स्तनधारी के प्रोटीन का एक-चौथाई कोलैजन है: तीन शृंखलाएँ, जिनमें से हर एक एक हज़ार अवशेषों की वामावर्त कुंडली है जिसमें हर तीसरे स्थान पर ग्लाइसीन है (ग्लाइ–X–Y, जिसमें Y प्रायः हाइड्रॉक्सीप्रोलीन है), और जो आपस में लिपटकर लंबी एक दक्षिणावर्त तिहरी कुंडली बनाती हैं, और फिर अगल-बगल जमकर ऐसे तंतुक बनाती हैं जिन्हें सहसंयोजी बंध आपस में बाँधते हैं। ग्लाइसीन में पार्श्व शृंखला का न होना ही तीनों शृंखलाओं को अक्ष पर जमने देता है; और ग्लाइसीन की जगह किसी और अवशेष का एक ही प्रतिस्थापन कुंडली में मोड़ डाल देता है और हड्डियाँ भुरभुरी कर देता है। प्रोलीनों के हाइड्रॉक्सिलीकरण के लिए विटामिन C चाहिए; उसके बिना कुंडली अस्थिर रहती है और तंतुक चूक जाते हैं: स्कर्वी।
उदाहरण 12.15 (कोई जेल पढ़ना)
किसी कच्चे निष्कर्ष में दर्जनों पट्टियाँ दिखती हैं; बंधुता वर्णलेखन के बाद सूचक की स्थिति पर एक ही पट्टी बचती है। SDS के बिना और अपचायक के बिना चलाने पर वही प्रोटीन की स्पीशीज़ के रूप में चलता है: वह दो एक जैसी शृंखलाओं का द्विलक है जिन्हें कोई डाइसल्फ़ाइड सेतु थामे है, और जिसे अपचायक तोड़ देता है तथा अपमार्जक अलग कर देता है। दो जेल, तर्क की एक ही लड़ी, और चतुष्क संरचना पता चल जाती है।