PelatihYang disebut ikatan peptida menyambungkan karboksil sebuah asam amino pada gugus amino asam amino berikutnya lewat kondensasi (sebuah ikatan amida, ). Rantai asam amino yang tersambung demikian adalah sebuah polipeptida: sebuah tulang punggung berupa satuan yang berulang, yang rantai sampingnya menjulur, dengan sebuah ujung N (gugus amino bebas) dan sebuah ujung C (karboksil bebas). Urutannya ditulis dari N ke C, yaitu urutan sintesisnya (Bab 19). Sebuah protein adalah satu polipeptida atau lebih yang terlipat menjadi bentuk yang tertentu; rantai yang lazim berisi residu bermassa rata-rata , sehingga sebuah protein berisi residu adalah .
Contoh
Contoh 12.10 (Kolagen)
Seperempat protein sebuah mamalia adalah kolagen: tiga rantai, yang masing-masing sebuah heliks tangan kiri berisi seribu residu dengan glisina pada tiap kedudukan ketiga (Gly–X–Y, Y sering hidroksiprolina), yang terpilin bersama menjadi heliks rangkap tiga tangan kanan sepanjang , lalu berkemas berdampingan menjadi fibril yang bersilang ikat lewat ikatan kovalen. Ketiadaan rantai samping pada glisinalah yang membuat ketiga rantainya dapat berkemas pada sumbunya; satu penggantian glisina oleh residu mana pun menekuk heliksnya dan memberikan tulang yang rapuh. Vitamin C dibutuhkan untuk menghidroksilasi prolinanya; tanpanya heliksnya tidak mantap dan fibrilnya gagal: penyakit sariawan.
Contoh 12.15 (Membaca sebuah gel)
Sebuah ekstrak kasar memperlihatkan berpuluh pita; sesudah kromatografi afinitas tersisa satu pita pada letak penanda . Bila dijalankan tanpa SDS dan tanpa zat pereduksi, protein yang sama bermigrasi sebagai spesies : ia sebuah dimer dari dua rantai serupa yang dipegang sebuah jembatan disulfida, yang diputus zat pereduksinya dan dipisahkan deterjennya. Dua gel, satu jalur penalaran, dan struktur kuaternernya pun diketahui.