किसी ऐमीनो अम्ल में एक केंद्रीय कार्बन होता है जो एक ऐमीनो समूह (), एक कार्बोक्सिल समूह (), एक हाइड्रोजन और एक पार्श्व शृंखला धारण करता है, जो प्रोटीनों के बीस मानक ऐमीनो अम्लों को एक-दूसरे से अलग करता है। कोशिका के pH पर ऐमीनो समूह प्रोटॉनित रहता है और कार्बोक्सिल आयनित: अणु एक उभयधर्मी आयन है, , जिस पर कोई शुद्ध आवेश नहीं। कार्बन ग्लाइसीन को छोड़कर सबमें किरैल है, और सजीव केवल L प्रतिबिंबरूप ही काम में लेते हैं। पार्श्व शृंखलाएँ अपने रसायन से समूह बनाती हैं:
| वर्ग | ऐमीनो अम्ल (तीन- और एक-अक्षरी कूट) | पार्श्व शृंखला |
|---|---|---|
| अध्रुवीय, ऐलिफ़ैटिक | Gly G, Ala A, Val V, Leu L, Ile I, Met M, Pro P | हाइड्रोकार्बन; Pro एक वलय |
| ऐरोमैटिक | Phe F, Tyr Y, Trp W | वलय; Tyr और Trp पराबैंगनी सोखते हैं |
| ध्रुवीय, अनावेशित | Ser S, Thr T, Cys C, Asn N, Gln Q | OH, SH, ऐमाइड |
| धन-आवेशित | Lys K, Arg R, His H | क्षारक; His का p 6.0 |
| ऋण-आवेशित | Asp D, Glu E | कार्बोक्सिलेट, p 4 |
इनमें से नौ (His, Ile, Leu, Lys, Met, Phe, Thr, Trp, Val) मनुष्यों के लिए आवश्यक हैं: हम उन्हें बना नहीं सकते और उन्हें खाना पड़ता है।
उदाहरण
उदाहरण 12.10 (कोलैजन)
किसी स्तनधारी के प्रोटीन का एक-चौथाई कोलैजन है: तीन शृंखलाएँ, जिनमें से हर एक एक हज़ार अवशेषों की वामावर्त कुंडली है जिसमें हर तीसरे स्थान पर ग्लाइसीन है (ग्लाइ–X–Y, जिसमें Y प्रायः हाइड्रॉक्सीप्रोलीन है), और जो आपस में लिपटकर लंबी एक दक्षिणावर्त तिहरी कुंडली बनाती हैं, और फिर अगल-बगल जमकर ऐसे तंतुक बनाती हैं जिन्हें सहसंयोजी बंध आपस में बाँधते हैं। ग्लाइसीन में पार्श्व शृंखला का न होना ही तीनों शृंखलाओं को अक्ष पर जमने देता है; और ग्लाइसीन की जगह किसी और अवशेष का एक ही प्रतिस्थापन कुंडली में मोड़ डाल देता है और हड्डियाँ भुरभुरी कर देता है। प्रोलीनों के हाइड्रॉक्सिलीकरण के लिए विटामिन C चाहिए; उसके बिना कुंडली अस्थिर रहती है और तंतुक चूक जाते हैं: स्कर्वी।