Een kenmerk is elke erfelijke eigenschap met twee of meer toestanden (ledemaat aanwezig of afwezig; een bepaalde base in een gen A, C, G of T). De kenmerken van twee organismen zijn homoloog wanneer zij van een gemeenschappelijke voorouder zijn geërfd, homoplastisch wanneer zij gelijken door convergentie of terugkeer (de vleugels van vogels en vleermuizen; de gestroomlijnde lichamen van dolfijnen en haaien). Een kenmerktoestand is oorspronkelijk (plesiomorf) als zij bij de voorouder van de groep aanwezig was, afgeleid (apomorf) als zij binnen de groep is ontstaan; de afgeleide toestanden die een clade deelt, haar synapomorfieën, zijn het enige bewijs ervoor. De polariteit wordt bepaald door vergelijking met een buitengroep, een taxon waarvan bekend is dat het buiten de bestudeerde groep ligt: de toestand die het vertoont wordt als oorspronkelijk genomen.
Voorbeelden
Voorbeeld 29.8 (Twee bomen, geteld)
Vier taxa: hagedis, vogel, zoogdier, kikker (buitengroep). Kenmerken: amnionei (hagedis, vogel, zoogdier: 1), diapside schedel (hagedis, vogel), endothermie (vogel, zoogdier). Boom A, (hagedis, vogel) en dan zoogdier: ei 1 verandering, schedel 1, endothermie 2 (twee keer ontstaan) — lengte 4. Boom B, (vogel, zoogdier) en dan hagedis: ei 1, endothermie 1, schedel 2 — lengte 4. Gelijkspel; voeg veren op de beenschubben en epidermale schubben toe (hagedis, vogel): boom A lengte 5, boom B lengte 6. Boom A verdient de voorkeur, en endothermie is een homoplasie: zij is twee keer ontstaan.