Um nucleotídeo é feito de três partes: uma base nitrogenada — uma purina (adenina A, guanina G: dois anéis fundidos) ou uma pirimidina (citosina C, timina T, uracila U: um anel); um açúcar de cinco carbonos, a ribose no RNA ou a 2′-desoxirribose no DNA (sem a hidroxila do carbono 2′); e de um a três grupos fosfato no carbono 5′ do açúcar. A base é ligada ao carbono 1′; os carbonos do açúcar são numerados com linhas para distingui-los dos da base. Base mais açúcar formam um nucleosídeo (adenosina, guanosina, citidina, timidina, uridina); com fosfatos, um nucleotídeo (AMP, ADP, ATP e os parentes deles).
উদাহরণ
Exemplo 11.4 (O RNA é frágil, o DNA é durável)
A hidroxila 2′ da ribose pode atacar a ligação fosfodiéster vizinha: em álcali brando o RNA é hidrolisado a nucleotídeos em poucas horas, ao passo que o DNA, que não tem essa hidroxila, sobrevive à fervura em álcali e já foi recuperado intacto de ossos com dezenas de milhares de anos. A uracila do RNA é a timina sem o grupo metila; o DNA usa timina para que a citosina, que lentamente perde o grupo amino e vira uracila, possa ser reconhecida como danificada e reparada — uma uracila no DNA é sempre um erro.
Exemplo 11.7 (Ler uma fita)
Se uma fita lê 5′-ATGGCATTC-3′, a parceira dela, escrita de 5′→3′, é 5′-GAATGCCAT-3′: complemente cada base e depois inverta a ordem. Nove pares, 3.1nm de hélice, vinte e duas ligações de hidrogênio (cinco G–C, quatro A–T). Um cromossomo humano de 2.5×108 pares tem 8.5cm de comprimento nessa forma e precisa ser dobrado cem mil vezes para caber num núcleo (Capítulo 17).
Exemplo 11.11 (Uma sonda encontra um gene)
Uma sonda de vinte nucleotídeos complementar a um gene, a 5∘C abaixo do Tm dela, liga-se à complementar exata dela e a mais nada em três bilhões de pares de bases: um único descasamento em vinte baixa o Tm em vários graus e o híbrido descasado funde. A especificidade do pareamento de bases, multiplicada por vinte posições, é aquilo em que se apoia todo teste de DNA, do exame de paternidade à detecção de patógenos.
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