Biologi · Glosarium

Apa itu Struktur sekunder?

Dikenal juga sebagai: heliks alfa · lembar beta

Definisi 12.5 Biologi Universitas — Tahun 1 · Bab 12 — Asam Amino dan Protein

Yang disebut struktur sekunder sebuah protein adalah pelipatan tulang punggungnya yang setempat dan teratur, yang dipegang ikatan hidrogen antara gugus C=O dan N–H tulang punggungnya. Dua pola mendominasi. Heliks α\alpha : sebuah gulungan tangan kanan berisi 3.6 residu tiap putaran, yang naik 0.15nm0.15\,\mathrm{nm} tiap residu (0.54nm0.54\,\mathrm{nm} tiap putaran), tiap C=O-nya berikatan pada N–H empat residu di depannya, dengan rantai sampingnya menunjuk ke luar. Lembar β\beta: rantai yang terentang hampir penuh (0.35nm0.35\,\mathrm{nm} tiap residu) lalu diletakkan berdampingan, sejajar atau antiparalel, berikatan antara untai yang bertetangga, dengan rantai sampingnya berselang-seling di atas dan di bawah lembarnya. Di antara keduanya, belokan dan gelung membalikkan arah rantainya. Prolina, yang cincinnya mengunci ϕ\phi, memutus heliks; glisina, yang tak berantai samping, memungkinkan belokan yang tak sanggup dibuat residu mana pun yang lain.

Plot Ramachandran: gabungan  dan  yang dapat dipakai sebuah residu. Dua kawasan izin yang besar bersesuaian dengan lembar  dan heliks  tangan kanan; sebagian besar bidangnya terlarang oleh tabrakan antaratom.
Plot Ramachandran: gabungan ϕ\phi dan ψ\psi yang dapat dipakai sebuah residu. Dua kawasan izin yang besar bersesuaian dengan lembar β\beta dan heliks α\alpha tangan kanan; sebagian besar bidangnya terlarang oleh tabrakan antaratom.
Linus Pauling (1901–1994), yang menyimpulkan heliks  dan lembar  pada 1951 dari kesebidangan ikatan peptida dan geometri ikatan hidrogen, sebelum keduanya pernah terlihat dalam sebuah protein. Foto: Yayasan Nobel, 1962, domain publik.
Linus Pauling (1901–1994), yang menyimpulkan heliks α\alpha dan lembar β\beta pada 1951 dari kesebidangan ikatan peptida dan geometri ikatan hidrogen, sebelum keduanya pernah terlihat dalam sebuah protein. Foto: Yayasan Nobel, 1962, domain publik.

Contoh

Contoh 12.6 (Heliks dan lembar menurut angkanya)

Sebuah heliks α\alpha yang menembus membran harus melintasi 3nm3\,\mathrm{nm} teras hidrofob: 3/0.15=203/0.15 = 20 residu, dan memang ruas lintas membran Bab 7 adalah rentetan sekitar dua puluh residu hidrofob. Sebuah untai β\beta sepanjang itu menjangkau 7nm7\,\mathrm{nm}: fibroin sutra adalah lembar antiparalel bertumpuk dari glisina dan alanina, dan sehelai benang sutra lebih kuat daripada baja seberat itu karena tulang punggung kovalennya terbaring sepanjang seratnya.

Baca dalam konteks →