Yang disebut struktur sekunder sebuah protein adalah pelipatan tulang punggungnya yang setempat dan teratur, yang dipegang ikatan hidrogen antara gugus C=O dan N–H tulang punggungnya. Dua pola mendominasi. Heliks : sebuah gulungan tangan kanan berisi 3.6 residu tiap putaran, yang naik tiap residu ( tiap putaran), tiap C=O-nya berikatan pada N–H empat residu di depannya, dengan rantai sampingnya menunjuk ke luar. Lembar : rantai yang terentang hampir penuh ( tiap residu) lalu diletakkan berdampingan, sejajar atau antiparalel, berikatan antara untai yang bertetangga, dengan rantai sampingnya berselang-seling di atas dan di bawah lembarnya. Di antara keduanya, belokan dan gelung membalikkan arah rantainya. Prolina, yang cincinnya mengunci , memutus heliks; glisina, yang tak berantai samping, memungkinkan belokan yang tak sanggup dibuat residu mana pun yang lain.
Contoh
Contoh 12.6 (Heliks dan lembar menurut angkanya)
Sebuah heliks yang menembus membran harus melintasi teras hidrofob: residu, dan memang ruas lintas membran Bab 7 adalah rentetan sekitar dua puluh residu hidrofob. Sebuah untai sepanjang itu menjangkau : fibroin sutra adalah lembar antiparalel bertumpuk dari glisina dan alanina, dan sehelai benang sutra lebih kuat daripada baja seberat itu karena tulang punggung kovalennya terbaring sepanjang seratnya.