البنية الثانوية لبروتين هي الطي الموضعي المنتظم لهيكله، وتمسكه روابط هيدروجينية بين زمر C=O وN–H في الهيكل. ونمطان يسيطران. اللولب : وهو ملف يميني من 3.6 بقية في الدورة، يرتفع لكل بقية ( لكل دورة)، وكل زمرة C=O مرتبطة بزمرة N–H على بعد أربع بقايا أمامها، والسلاسل الجانبية تشير إلى الخارج. والصفيحة : وهي سلاسل ممدودة شبه تام ( لكل بقية) موضوعة جنبًا إلى جنب، متوازية أو متعاكسة، مرتبطة بين الخصلات المتجاورة، وسلاسلها الجانبية تتناوب فوق الصفيحة وتحتها. وبينهما انعطافات وعرى تعكس اتجاه السلسلة. والبرولين، الذي تحبس حلقته ، يكسر اللوالب؛ والغليسين، ولا سلسلة جانبية له، يتيح انعطافات لا تستطيعها بقية أخرى.
أمثلة
مثال 12.6 (اللولب والصفيحة بالأرقام)
اللولب العابر للغشاء عليه أن يقطع من اللب الكاره للماء: أي بقية، وبالفعل فإن المقاطع العابرة للغشاء في الفصل 7 مسالك من نحو عشرين بقية كارهة للماء. أما خصلة بالطول نفسه فتمتد : وفيبروين الحرير صفائح متعاكسة مكدسة من الغليسين والألانين، وخيط الحرير أقوى من فولاذ بوزنه لأن الهياكل التساهمية تمتد على امتداد الليف.