De secundaire structuur van een eiwit is de plaatselijke, regelmatige vouwing van zijn ruggengraat, vastgehouden door waterstofbruggen tussen de C=O- en N–H-groepen van de ruggengraat. Twee patronen overheersen. De -helix: een rechtsdraaiende spiraal van 3.6 residuen per winding, die per residu stijgt ( per winding), waarbij elke C=O is gebonden aan de N–H vier residuen verderop en de zijketens naar buiten wijzen. De -plaat: ketens die vrijwel volledig zijn gestrekt ( per residu) en zij aan zij liggen, evenwijdig of antiparallel, met bruggen tussen naburige strengen en zijketens die om en om boven en onder de plaat uitsteken. Daartussen keren bochten en lussen de richting van de keten om. Proline, waarvan de ring vastlegt, breekt helices; glycine, zonder zijketen, laat bochten toe die geen ander residu kan maken.
Voorbeelden
Voorbeeld 12.6 (Helix en plaat in getallen)
Een -helix die een membraan doorkruist moet hydrofobe kern overbruggen: residuen, en inderdaad zijn de transmembraansegmenten van Hoofdstuk 7 reeksen van ongeveer twintig hydrofobe residuen. Een -streng van dezelfde lengte overspant : zijdefibroïne bestaat uit gestapelde antiparallelle platen van glycine en alanine, en een zijdedraad is sterker dan staal van hetzelfde gewicht omdat de covalente ruggengraten in de lengte van de vezel liggen.