De organische moleculen van de cel zijn koolstofskeletten met een klein aantal functionele groepen die hun chemie bepalen:
| groep | formule | eigenschap | te vinden in |
|---|---|---|---|
| hydroxyl | polair, vormt H-bruggen | suikers, alcoholen | |
| carbonyl | polair, reactief | aldosen, ketosen | |
| carboxyl | zuur (p) | vetzuren, aminozuren | |
| amino | base (p) | aminozuren | |
| fosfaat | geladen, energierijke schakels | nucleotiden, ATP | |
| sulfhydryl | vormt S–S-bruggen | cysteïne | |
| methyl | apolair | lipiden, DNA-merken |
Bij de pH van de cel zijn carboxylgroepen geïoniseerd () en aminogroepen geprotoneerd ().