Een fylogenetische boom is een schema van de verwantschap van een aantal soorten (of andere groepen). Haar toppen zijn de vergeleken soorten; elke knoop waar twee takken samenkomen staat voor hun jongste gemeenschappelijke voorouder — een verondersteld populatie, geen bekend fossiel; de wortel is de gemeenschappelijke voorouder van alle. Twee soorten zijn nauwer verwant dan een derde wanneer hun gemeenschappelijke voorouder (hun knoop) jonger is dan de knoop die zij met de derde delen. Verwantschap wordt uit de knopen afgelezen, en nooit uit de plaats van de toppen van links naar rechts.
Voorbeelden
Voorbeeld 26.3 (Verkeerde lezingen om te vermijden)
"Mensen stammen af van chimpansees": nee — op de boom zijn mensen en chimpansees zustertoppen, afstammend van een gemeenschappelijke voorouder die geen van beide was. "De kikker is primitiever": nee — elke top is een hedendaagse soort met evenveel geschiedenis sinds de wortel; de kikkerlijn is even lang geëvolueerd als de onze. "De hagedis staat dichter bij de kikker dan bij de muis" (uit boom A): nee — hagedis en muis delen een jongere knoop.