للحمض الأميني كربون مركزي يحمل زمرة أمينية ()، وزمرة كربوكسيلية ()، وهيدروجينًا، وسلسلة جانبية تميز الحموض الأمينية العشرين المعيارية في البروتينات. وعند pH الخلية تكون الزمرة الأمينية مبرتنة والكربوكسيلية مشرَّدة: فالجزيء شاردة ثنائية القطب، ، بلا شحنة صافية. والكربون لامتناظر عند الجميع إلا الغليسين، والأحياء لا تستعمل إلا المصاوغ L. وتتجمع السلاسل الجانبية بحسب كيميائها:
| الصنف | الحموض الأمينية (بالرمزين الثلاثي والأحادي) | السلسلة الجانبية |
|---|---|---|
| غير قطبية أليفاتية | Gly G، Ala A، Val V، Leu L، Ile I، Met M، Pro P | هيدروكربونية؛ وPro حلقة |
| عطرية | Phe F، Tyr Y، Trp W | حلقات؛ وTyr وTrp تمتصان فوق البنفسجي |
| قطبية غير مشحونة | Ser S، Thr T، Cys C، Asn N، Gln Q | OH، SH، أميد |
| موجبة الشحنة | Lys K، Arg R، His H | أسس؛ وp عند His تساوي 6.0 |
| سالبة الشحنة | Asp D، Glu E | كربوكسيلات، وp لها 4 |
وتسعة منها (His، وIle، وLeu، وLys، وMet، وPhe، وThr، وTrp، وVal) أساسية للإنسان: فنحن لا نستطيع صنعها ولا بد أن نأكلها.
أمثلة
مثال 12.10 (الكولاجين)
ربع بروتين الثديي كولاجين: ثلاث سلاسل، كل منها لولب يساري من ألف بقية بغليسين في كل موضع ثالث (غليسين–X–Y، وY هيدروكسي برولين غالبًا)، ملتفة معًا في لولب ثلاثي يميني طوله ، ثم مرصوصة جنبًا إلى جنب في ليفيفات تربطها روابط تساهمية. وانعدام السلسلة الجانبية عند الغليسين هو ما يتيح للسلاسل الثلاث أن ترتص عند المحور؛ واستبدال بقية أخرى بغليسين واحد يثني اللولب فيعطي عظامًا هشة. وفيتامين C لازم لهدرجة البرولينات بالهيدروكسيل؛ ودونه يكون اللولب غير مستقر وتفشل الليفيفات: وهو الأسقربوط.