CoachUn caractère est tout trait héritable ayant deux états ou plus (membre présent ou absent ; une base donnée d’un gène A, C, G ou T). Les caractères de deux organismes sont homologues lorsqu’ils sont hérités d’un ancêtre commun, homoplasiques lorsqu’ils se ressemblent par convergence ou par réversion (les ailes des oiseaux et des chauves-souris ; les corps fuselés des dauphins et des requins). Un état de caractère est ancestral (plésiomorphe) s’il est présent chez l’ancêtre du groupe, dérivé (apomorphe) s’il est apparu au sein du groupe ; les états dérivés partagés par un clade, ses synapomorphies, en sont la seule preuve. La polarité se détermine par comparaison avec un groupe externe, un taxon dont on sait qu’il est hors du groupe étudié : l’état qu’il montre est tenu pour ancestral.
উদাহরণ
Exemple 29.8 (Deux arbres, comptés)
Quatre taxons : lézard, oiseau, mammifère, grenouille (groupe externe). Caractères : œuf amniotique (lézard, oiseau, mammifère : 1), crâne diapside (lézard, oiseau), endothermie (oiseau, mammifère). Arbre A, (lézard, oiseau) puis mammifère : œuf 1 changement, crâne 1, endothermie 2 (apparue deux fois) — longueur 4. Arbre B, (oiseau, mammifère) puis lézard : œuf 1, endothermie 1, crâne 2 — longueur 4. Égalité ; ajoutons les écailles épidermiques des pattes (lézard, oiseau) : arbre A longueur 5, arbre B longueur 6. L’arbre A est préféré, et l’endothermie est une homoplasie : elle est apparue deux fois.