Bij eukaryoten begint het polymerase nooit uit zichzelf: de algemene factoren bij de promotor (Hoofdstuk 19) halen het erbij, en de snelheid wordt bepaald door transcriptiefactoren die aan regelsequenties zijn gebonden — sommige dicht bij de promotor, vele in enhancers die duizenden basenparen verderop kunnen liggen, stroomopwaarts, stroomafwaarts of in een intron, in beide richtingen, en die werken doordat het DNA een lus maakt waardoor de eraan gebonden factoren het complex bij de promotor via mediatoreiwitten aanraken. Een transcriptiefactor is modulair opgebouwd: een DNA-bindend domein dat een korte sequentie herkent (de families helix-turn-helix, zinkvinger, leucinerits) en een activerings- of onderdrukkingsdomein dat de machinerie erbij haalt of tegenhoudt. Een gen wordt gelezen wanneer de juiste combinatie factoren aanwezig is: enkele honderden factoren sturen, in combinaties, twintigduizend genen.
Voorbeelden
Voorbeeld 20.11 (Een signaal wordt een expressiepatroon)
Cortisol komt een levercel binnen en bindt zijn receptor, een transcriptiefactor die in het cytosol inactief wordt gehouden; het complex gaat de celkern in, bindt een sequentie van vijftien basen die bij een honderdtal genen voorkomt — waaronder die van de gluconeogenese (Hoofdstuk 16) — en haalt acetylasen en mediator erbij: binnen een uur worden de enzymen van de glucosesynthese gemaakt. Hetzelfde hormoon zet in een lymfocyt, waarvan het open chromatine een ander stel van die sequenties blootlegt, genen aan die de cel doden. Eén signaal, één receptor, twee antwoorden: het verschil is welke genen toegankelijk waren.