En los eucariotas la polimerasa nunca arranca sola: los factores generales del promotor (Capítulo 19) la reclutan, y la velocidad la fijan los factores de transcripción unidos a secuencias reguladoras — unas cercanas al promotor y muchas en potenciadores que pueden quedar a miles de pares de bases, aguas arriba, aguas abajo o en un intrón, en cualquier orientación, y que actúan formando un bucle en el ADN para que los factores unidos a ellos toquen el complejo del promotor a través de proteínas mediadoras. Un factor de transcripción es modular: un dominio de unión al ADN que reconoce una secuencia corta (familias hélice-giro-hélice, dedo de cinc, cremallera de leucinas) y un dominio de activación o de represión que recluta o bloquea la maquinaria. Un gen se lee cuando está presente la combinación adecuada de factores: unos pocos cientos de factores, en combinaciones, controlan veinte mil genes.
Ejemplos
Ejemplo 20.11 (Una señal se convierte en un patrón de expresión)
El cortisol entra en una célula hepática y se une a su receptor, un factor de transcripción que se mantiene inactivo en el citosol; el complejo entra en el núcleo, se une a una secuencia de quince bases presente cerca de un centenar de genes — entre ellos los de la gluconeogénesis (Capítulo 16) — y recluta acetilasas y mediador: en menos de una hora se están fabricando las enzimas de la síntesis de glucosa. Esa misma hormona, en un linfocito cuya cromatina abierta expone un conjunto distinto de esas secuencias, enciende genes que matan a la célula. Una señal, un receptor, dos respuestas: la diferencia está en qué genes estaban accesibles.